[发明专利]一种快速开发缢蛏微卫星分子标记的方法

摘要

本发明是一种快速开发缢蛏微卫星分子标记的方法，包括缢蛏微卫星序列的查找，基因组DNA的快速提取，微卫星引物的适用性扩增和微卫星标记的基因型鉴定方法。首先，在缢蛏转录组数据库中，按照微卫星分类标准，快速查找微卫星序列；其次，利用简化的苯酚氯仿抽提法，快速提取DNA；然后，建立缢蛏微卫星引物适用性的PCR扩增方法；最后，采用FAM荧光标记引物和ABI3730核酸分析仪进行缢蛏微卫星标记的鉴定，建立了一种快速开发缢蛏微卫星分子标记的方法。此方法具有高效、快速、准确等优点。

主权项

一种快速开发缢蛏微卫星分子标记的方法，其特征在于，包括以下步骤：1）.缢蛏微卫星序列的筛选步骤利用新一代454测序技术获得缢蛏转录组数据库，按照两碱基重复次数>6,三碱基重复次数>4,四、五、六碱基重复次数>3的微卫星长度标准，利用SciRoKo软件在缢蛏转录组数据库所有序列中筛选缢蛏微卫星序列，利用Primer3软件在缢蛏微卫星序列的侧翼序列设计引物；2).缢蛏基因组DNA的提取步骤取0.2g缢蛏外套膜组织于裂解液中，利用改良后的苯酚氯仿方法抽提DNA，用0.8%的琼脂糖胶电泳检测；3）.微卫星引物的适用性扩增步骤采用上述DNA为模板，进行PCR扩增，PCR扩增产物经1.2％琼脂糖凝胶检测，于凝胶成像系统下观察并拍照记录；4）.缢蛏适用性微卫星标记的鉴定步骤检测符合微卫星扩增效果的正向引物采用FAM荧光染料标记，之后进行PCR扩增，扩增产物采用ABI3730核酸分析仪检测，并利用GeneMapper软件(Applied Biosystems)进行基因型分析。