[发明专利]用于预测实验油棕榈植物的棕榈油产量的方法在审
| 申请号： | 201680061841.0 | 申请日： | 2016-10-21 |
| 公开（公告）号： | CN108291265A | 公开（公告）日： | 2018-07-17 |
| 发明（设计）人： | Q·B·克翁;A·L·龙;C·K·特;M·穆罕默德;F·T·周;D·R·阿普尔顿;H·库拉维拉辛加姆 | 申请（专利权）人： | 森达美种植知识产权私人有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6895 | 分类号： | C12Q1/6895 |
| 代理公司： | 北京德琦知识产权代理有限公司 11018 | 代理人： | 潘怀仁;王珍仙 |
| 地址： | 马来西*** | 国省代码： | 马来西亚;MY |
| 权利要求书： | 查看更多 | 说明书： | 查看更多 |
| 摘要： | 公开了用于预测实验油棕榈植物的棕榈油产量的方法。所述方法包括：从群体的实验油棕榈植物的样品确定至少第一SNP基因型，所述第一SNP基因型对应于第一SNP标记，所述第一SNP标记位于用于高产油量性状的第一QTL中，并且在分层和亲缘关系校正之后，以所述群体中至少3.0的全基因组‑log10(p值)与所述高产油量性状相关联，或者相对于与所述第一SNP标记连锁的第一其他SNP标记具有至少0.2的连锁不平衡r2值，所述第一其他SNP标记在分层和亲缘关系校正之后，以所述群体中至少3.0的全基因组‑log10(p值)与所述高产油量性状相关联。所述方法还包括将所述第一SNP基因型与相应的第一参考SNP基因型进行比较，并基于SNP基因型的匹配程度预测所述实验植物的棕榈油产量。 | ||
| 搜索关键词： | 棕榈油 高产油量 棕榈植物 实验油 性状 亲缘关系 全基因组 分层 校正 群体 关联 连锁不平衡 程度预测 实验植物 预测 匹配 参考 | ||
【主权项】：
1.一种用于预测实验油棕榈植物的棕榈油产量的方法，所述方法包括以下步骤：(i)从油棕榈植物群体的实验油棕榈植物的样品确定所述实验油棕榈植物的至少第一单核苷酸多态性(SNP)基因型，所述第一SNP基因型对应于第一SNP标记，所述第一SNP标记(a)位于用于高产油量性状的第一数量性状基因座(QTL)中，并且(b)在分层和亲缘关系校正之后，以所述群体中至少3.0的全基因组‑log10(p值)与所述高产油量性状相关联，或者相对于与所述第一SNP标记连锁的第一其他SNP标记具有至少0.2的连锁不平衡r2值，所述第一其他SNP标记在分层和亲缘关系校正之后，以所述群体中至少3.0的全基因组‑log10(p值)与所述高产油量性状相关联；(ii)将所述实验油棕榈植物的所述第一SNP基因型与在与所述群体相同遗传背景下指示所述高产油量性状的相应的第一参考SNP基因型进行比较；以及(iii)基于所述实验油棕榈植物的所述第一SNP基因型与所述相应的第一参考SNP基因型的匹配程度来预测所述实验油棕榈植物的棕榈油产量，其中所述第一QTL是对应于以下中的一个的油棕榈基因组的区域：(1)QTL区域1，从染色体1的核苷酸18204491延伸至18358401；(2)QTL区域2，从染色体1的核苷酸18922390延伸至19167923；(3)QTL区域3，从染色体1的核苷酸19188077延伸至19685080；(4)QTL区域4，从染色体1的核苷酸23276098延伸至23456770；(5)QTL区域5，从染色体1的核苷酸26021716延伸至26066534；(6)QTL区域6，从染色体1的核苷酸28110016延伸至28234799；(7)QTL区域7，从染色体1的核苷酸29798161延伸至30164329；(8)QTL区域8，从染色体1的核苷酸30684639延伸至31160129；(9)QTL区域9，从染色体1的核苷酸37811723延伸至38637229；(10)QTL区域10，从染色体1的核苷酸38659012延伸至39206652；(11)QTL区域11，从染色体1的核苷酸39243858延伸至39842157；(12)QTL区域12，从染色体1的核苷酸61305818延伸至61572106；(13)QTL区域13，从染色体2的核苷酸1068379延伸至1516571；(14)QTL区域14，从染色体2的核苷酸1616491延伸至2016169；(15)QTL区域15，从染色体2的核苷酸17637996延伸至17959911；(16)QTL区域16，从染色体2的核苷酸20732085延伸至20977490；(17)QTL区域17，从染色体2的核苷酸31844836延伸至31980071；(18)QTL区域18，从染色体2的核苷酸50449700延伸至50857310；(19)QTL区域19，从染色体2的核苷酸50879601延伸至51539414；(20)QTL区域20，从染色体2的核苷酸52821582延伸至52960520；(21)QTL区域21，从染色体3的核苷酸42585292延伸至42728875；(22)QTL区域22，从染色体4的核苷酸9561644延伸至9701199；(23)QTL区域23，从染色体4的核苷酸12469969延伸至13409114；(24)QTL区域24，从染色体4的核苷酸14672228延伸至14789226；(25)QTL区域25，从染色体5的核苷酸395189延伸至842107；(26)QTL区域26，从染色体5的核苷酸47205529延伸至47293291；(27)QTL区域27，从染色体5的核苷酸48857594延伸至48932286；(28)QTL区域28，从染色体6的核苷酸5943980延伸至6002717；(29)QTL区域29，从染色体6的核苷酸6337822延伸至6563232；(30)QTL区域30，从染色体6的核苷酸6818733延伸至7281658；(31)QTL区域31，从染色体6的核苷酸17578027延伸至18209857；(32)QTL区域32，从染色体6的核苷酸26204516延伸至26755007；(33)QTL区域33，从染色体6的核苷酸36492757延伸至36494757；(34)QTL区域34，从染色体7的核苷酸219790延伸至1533149；(35)QTL区域35，从染色体8的核苷酸8700733延伸至9242332；(36)QTL区域36，从染色体8的核苷酸23767318延伸至23957652；(37)QTL区域37，从染色体8的核苷酸26648547延伸至26848102；(38)QTL区域38，从染色体9的核苷酸606020延伸至1309231；(39)QTL区域39，从染色体9的核苷酸3499347延伸至3638435；(40)QTL区域40，从染色体9的核苷酸28437588延伸至28513671；(41)QTL区域41，从染色体9的核苷酸28581068延伸至28912034；(42)QTL区域42，从染色体9的核苷酸32327318延伸至32434321；(43)QTL区域43，从染色体9的核苷酸32538074延伸至32540074；(44)QTL区域44，从染色体9的核苷酸32775289延伸至33054696；(45)QTL区域45，从染色体9的核苷酸33133902延伸至33254107；(46)QTL区域46，从染色体10的核苷酸15342814延伸至15405953；(47)QTL区域47，从染色体11的核苷酸15933273延伸至15943963；(48)QTL区域48，从染色体12的核苷酸12178551延伸至12249693；(49)QTL区域49，从染色体13的核苷酸2052746延伸至2447722；(50)QTL区域50，从染色体13的核苷酸14345084延伸至14709650；(51)QTL区域51，从染色体13的核苷酸22031000延伸至22147560；(52)QTL区域52，从染色体15的核苷酸23588504延伸至24307350；(53)QTL区域53，从染色体16的核苷酸1511530延伸至1596020；(54)QTL区域54，从染色体16的核苷酸2684531延伸至2803682；(55)QTL区域55，从染色体16的核苷酸5535711延伸至5995857；(56)QTL区域56，从染色体16的核苷酸8379248延伸至8554851；或(57)QTL区域57，从染色体16的核苷酸8883687延伸至9269845。
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- 肖盟;龚杰;黄晶晶;范欣;徐英春;张建中 - 中国医学科学院北京协和医院
- 2019-08-07 - 2019-11-05 - C12Q1/6895
- 本发明提供一种高分辨率熔解曲线鉴定耳念珠菌的方法，包括如下步骤：步骤一、准备待鉴定菌株包括耳念菌株和对照菌株的DNA模板；步骤二、设计上下游引物；步骤三、利用高分辨率溶解曲线技术HRM，获取各菌株高分辨溶解曲线图，具体为利用Real‑time PCR技术，通过实时检测DNA熔解过程中荧光信号值的变化获取各菌株高分辨溶解曲线图；步骤四、利用分析软件分析鉴定待鉴定菌株的具体类型；步骤五、测定步骤三中结果为阳性菌株的核苷酸序列；步骤六、验证鉴定方法的灵敏度。本发明提供高分辨率熔解曲线鉴定耳念珠菌的方法，可以明确鉴定耳念珠菌并与相近的菌株进行区分，方法操作简单，准确高效。
- 鉴定发酵虫草菌粉的特征性核苷酸、探针、试剂盒及方法-201910734711.4
- 赵祥伟;葛芹玉;章汝恺 - 宁芯（南京）生物医学技术研究院有限公司
- 2019-08-09 - 2019-11-05 - C12Q1/6895
- 本发明公开了鉴定发酵虫草菌粉的特征性核苷酸、探针、试剂盒及方法。该特征性核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示。该核酸分子探针基于发酵虫草菌粉的核糖体rDNA内转录间隔区ITS1、ITS4及相关的保守区域的基因获取的特征性核苷酸序列设计。本发明设计的核酸分子探针序列F和R，其退火温度接近，相互之间没有引物二聚体形成，具有极高的特异性，结合PCR技术进行检测，方法简单，特异性好，用时短，半天即可完成，可以对发酵虫草菌粉DNA进行高效的扩增鉴定。
- 芬娜金针菇新菌株的分子标记的引物和分子标记方法-201910856311.0
- 吴清平;胡惠萍;刘远超;谢意珍;张智;吴晓贤;王傲;卓丽君;史钏 - 广东省微生物研究所（广东省微生物分析检测中心）;广东粤微生物科技有限公司
- 2019-09-11 - 2019-11-05 - C12Q1/6895
- 本发明涉及一种芬娜金针菇新菌株的分子标记的引物和分子标记方法。芬娜金针菇Flammulina fennae HMGIM‑A151357的分子标记的引物，包括FAA‑F‑3和FAA‑R‑4，或FAA‑F‑5和FAA‑R‑7；FAA‑F‑3：GCATTGGCAAGAGTTTCA，FAA‑R‑4：AGGCAAGTCATCCGTTTT；FAA‑F‑5：GCATTTGGACTATTGCCTCA，FAA‑R‑7：CGTCCTATGTCGTAGAGTAGCG。本发明两对特异性核苷酸引物序列结合常规PCR、电泳方法可以快速准确鉴定此芬娜金针菇菌种，区分市场上的普通金针菇菌种，鉴别方法简单且特异性高。
- 海州常山盐胁迫下荧光定量内参基因及其引物和应用-201811441275.3
- 杨秀莲;华雅洁;岳远征;施婷婷;王良桂;刘华歧 - 南京林业大学
- 2018-11-28 - 2019-11-05 - C12Q1/6895
- 本发明公开了海州常山盐胁迫下荧光定量内参基因及其引物和应用，该内参基因为UBC‑E2、RPL和MDH，其中，MDH基因的基因序列如SEQ ID NO.10所示，RPL基因的基因序列如SEQ ID NO.3所示，UBC‑E2基因的基因序列如SEQ ID NO.12所示。本申请依据现有公开的基因筛选出表达较为稳定的候选基因，通过软件对其稳定性进行评估，公开了适合于海州常山盐胁迫条件下表达最稳定的内参基因，并用这些基因为基础设计了实时荧光定量PCR引物，填补了海州常山盐胁迫条件下没有内参基因的现状，为海州常山盐胁迫条件下相关功能基因的精确定量提供有力支持，可提高研究的稳定性、重复性和可靠性。
- 水稻稻瘟病抗性基因Pi2-1的分子标记方法及应用-201710001942.5
- 王悦;陈光辉;张雪莉;刘芬;方希林;杨漫;王鑫 - 湖南农业大学
- 2017-01-03 - 2019-11-05 - C12Q1/6895
- 本发明是一种水稻稻瘟病抗性基因Pi2‑1的分子标记方法及应用，提取水稻样品基因组DNA，利用与稻瘟病抗性基因Pi2‑1紧密连锁的分子标记WY6‑8和T6，对育种群体的DNA进行PCR扩增，PCR扩增产物在8％非变性聚丙烯酰胺凝胶上进行电泳检测，如扩增出对应大小的DNA片段，则标志着Pi2‑1基因的存在。本发明采用水稻稻瘟病抗性基因Pi2‑1的分子标记方法，该方法是应用筛选到的与水稻广谱持久抗性品种TY第6号染色体上定位到的稻瘟病抗性基因Pi2‑1紧密连锁的2个分子标记，它们能有效预测水稻育种群体的稻瘟病抗性，加快抗病品种的选育速度。
- 葡萄果实无核主效QTL位点SDL的SNP分子标记及应用-201711115463.2
- 张颖;刘崇怀;樊秀彩;姜建福 - 中国农业科学院郑州果树研究所
- 2017-11-13 - 2019-11-05 - C12Q1/6895
- 本发明属于葡萄分子育种领域，具体提供了一种葡萄果实无核主效QTL位点的分子标记及应用。利用RAD‑seq法测序并构建母本‘红地球’和父本‘森田尼无核’的联合遗传连锁图谱，结合葡萄果实表型鉴定，并利用区间作图法进行QTL分析，在联合遗传连锁图的第18连锁群检测到主效QTL位点SDL的存在，该主效QTL位点的贡献率为77.9％，与该位点紧密连锁的两个SNP标记为SDL1和SDL2，其遗传距离为124kb。本发明所获得的葡萄果实无核主效QTL位点的SNP分子标记，可用于葡萄果实无核性状的早期筛选，对于提高育种效率具有重要的理论和实践指导意义。
- 一种实时荧光定量PCR检测土壤西瓜枯萎病菌的方法及引物-201610858546.X
- 梁志怀;肖姬玲;张屹;朱菲莹;阮万辉;闵子扬 - 湖南省农业生物技术研究所
- 2016-09-28 - 2019-11-05 - C12Q1/6895
- 本发明公开了一种实时荧光定量PCR检测土壤西瓜枯萎病菌的方法及引物。通过特异性引物先进行普通PCR预扩增，然后以预扩增产物为模板DNA进行实时荧光定量PCR。本发明针对传统的病害诊断和流行趋势研究主要依靠病原菌的分离培养，不仅耗时长且难以准确定量，不能给病害防治提供有效防治时期，以及现有的PCR技术灵敏度不高，引物特异性不够，容易受到土壤背景中其他菌落或者物质干扰的缺陷，提供一种准确性高、特异性强、灵敏度高的西瓜枯萎病菌定量检测技术，对于该病的早期诊断、病情预报及综合防治具有重要意义。
- 一种区分叶用紫叶芥菜和绿叶芥菜的分子标记及区分方法与应用-201910204598.9
- 衡双平;杨茜;黄浩;陈果;刘明芳;崔梦迪;吕擎 - 信阳师范学院
- 2019-03-18 - 2019-11-01 - C12Q1/6895
- 一种区分叶用紫叶芥菜和绿叶芥菜的分子标记及区分方法与应用，本发明属于植物分子标记育种领域，具体涉及到一种芥菜紫色叶片紧密连锁的分子标记的开发和利用。本发明首先对控制紫叶芥菜叶色的基因片段进行扩增并与绿叶芥菜中的基因序列进行序列比对（其核苷酸序列如序列表SEQ ID NO:1到NO:2所示），分别在基因序列保守和绿叶芥菜中特异插入的核苷酸序列设计引物，开发用于区分紫叶芥菜和绿叶芥菜特异的SCAR分子标记。利用紫叶芥菜和绿叶芥菜自交系对这两对SCAR标记进行验证。本发明设计和开发了芥菜不同叶色特异的SCAR标记，在芥菜杂交育种中其应用不但可以鉴定不同芥菜叶色材料的基因型。还能用于鉴定种子纯度，提高育种效率。
- 鉴定番茄品种真实性和种子纯度的成套引物与方法-201610739417.9
- 刘宝平;王喜萍;李常保;王铭堂;张东峰;马俊召;王亚楠;周明;刘海燕;杜敏敏 - 北京通州国际种业科技有限公司;北京市农林科学院
- 2016-08-26 - 2019-11-01 - C12Q1/6895
- 本发明公开了鉴定番茄品种真实性和种子纯度的成套引物与方法。本发明公开的鉴定番茄品种真实性和种子纯度的成套引物的48对引物的序列依次如序列表中序列1‑96所示，序列2n与序列2n‑1组成一个引物对，n为1‑24中的一个自然数；鉴定番茄品种真实性和种子纯度的方法包括利用本发明的成套引物对待测番茄DNA进行PCR扩增，根据待测番茄PCR产物的差异确定待测番茄的品种真实性和种子纯度。实验证明本发明的成套引物不仅可以用来鉴定番茄品种真实性，还可以鉴定番茄的种子纯度，且具有准确性高、结果稳定、不受环境条件及发育时期的影响、统计简便等优势。
- 与结球甘蓝无蜡粉亮绿基因cgl-4紧密连锁的分子标记及其应用-201610520348.2
- 杨丽梅;刘东明 - 中国农业科学院蔬菜花卉研究所
- 2016-07-05 - 2019-11-01 - C12Q1/6895
- 本发明提供了一种与结球甘蓝无蜡粉亮绿基因cgl‑4紧密连锁的分子标记BCYM000140，其特征在于：所述分子标记BCYM000140的上下游引物具有如Seq ID No.1和Seq ID No.2所示的核苷酸序列。本发明还提供了基于所述分子标记的用于筛选包含结球甘蓝无蜡粉亮绿基因cgl‑4的结球甘蓝种质资源的试剂盒和方法。本发明所述的标记或试剂盒，具有特异性好、准确性高的特点，能在植株生长早期简捷快速地获知所测材料是否含有无蜡粉亮绿基因cgl‑4，以便于更有针对性地开展后续育种工作。
- 番茄腺毛性状的连锁标记及其应用-201710231009.7
- 崔霞;张率斌;徐萌;李仁 - 中国农业科学院蔬菜花卉研究所
- 2017-04-10 - 2019-11-01 - C12Q1/6895
- 本发明公开了一种番茄腺毛性状的连锁标记及其应用。本发明保护一种特异引物对；所述特异引物对由引物F和引物R组成；所述引物F为序列表的序列1所示的单链DNA分子；所述引物R为序列表的序列2所示的单链DNA分子。本发明还保护所述特异引物对在鉴定或辅助鉴定番茄腺毛性状中的应用。利用本发明提供的特异引物对来选育腺毛密度较高的抗虫番茄品种可以在番茄的幼苗期就进行鉴定，不需要等到定植后再进行表型测定，大大提早了鉴定时间，缩短了不必要的种植面积，减少了人力和物力的消耗。
- 两个高油酸油菜鉴别基因及其筛选方法和应用-201610801322.5
- 张振乾;陈浩;肖钢;官梅;官春云;陈社员;刘忠松;邬贤梦 - 湖南农业大学
- 2016-09-05 - 2019-11-01 - C12Q1/6895
- 本发明属于生物技术领域，涉及高油酸油菜的育种，具体涉及两个高油酸油菜鉴别基因及其筛选方法和应用。两种高油酸油菜鉴别基因，为atpB基因和肌酸磷酸激酶基因。所述基因的筛选方法，步骤如下：根据转录组分析，筛选高油酸油菜育种材料早期筛选的候选基因；采集油酸含量不同的不同生育期油菜材料，测定候选基因的差异表达量；通过气相色谱法测定油菜成熟种子的脂肪酸成分；将差异表达量与脂肪酸成分进行对比，筛选高油酸油菜基因。对大量未知材料进行筛选，获得大批有高油酸潜力的育种材料，进行后期研究，加快育种进程，促进高油酸油菜新品种选育。
- 一种鉴定木薯块根肉质颜色的分子标记方法-201611199010.8
- 严华兵;周慧文;谢向誉;曹升;尚小红;陈新;陆柳英;曾文丹 - 广西作物遗传改良生物技术重点开放实验室
- 2016-12-22 - 2019-11-01 - C12Q1/6895
- 本发明公开了一种鉴定木薯块根肉质颜色的分子标记方法，该方法采用CTAB法从木薯叶片中提取木薯基因组DNA，设计一对特异引物扩增包含PSY2基因SNP2位点的260bp核苷酸序列，然后对木薯基因组DNA进行PCR扩增，利用限制性内切酶AluI酶切PCR扩增产物，使用浓度为3.0%琼脂糖凝胶对酶切产物进行电泳分离，然后根据电泳结果进行木薯材料的块根颜色判定。本发明可用于木薯块根肉质颜色的分子标记辅助育种，可实现在苗期时通过抽提叶片DNA进行分子标记分析检测，进而准确鉴别木薯块根肉质颜色，能快速选择符合育种目标的块根肉质颜色材料进行大田移栽，从而提高育种效率，加快育种进程。
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