[发明专利]用于调节RNA剪接的方法

摘要

在一个方面，本文描述了可以通过本文所提供的化合物识别的用于剪接修饰因子的内含子识别元件(iREMS)。在另一个方面，本文描述了用于调节基因产物的量的方法，其中从所述基因转录的前体RNA转录本含有内含子REMS，并且所述方法使用了本文所述的化合物。更具体地，本文描述了用于调节基因所编码的RNA转录本或蛋白产物的量的方法，其中从所述基因转录的前体RNA转录本包含内含子REMS，并且所述方法使用了本文所述的化合物。在另一个方面，本文提供了包含内含子REMS的人工基因构建体，以及那些人工基因构建体调节蛋白质生产的用途。在另一个方面，本文提供了用于改变内源基因以包含内含子REMS的方法，和本文所述的化合物用于调节从这些改变的内源基因所产生的蛋白的用途。

主权项

1.用于产生包含iExon的成熟mRNA转录本的方法，所述方法包括将前‑mRNA转录本与式(I)所表示的化合物或其形式接触，其中所述前‑mRNA转录本包含两个外显子和内含子，其中一个外显子位于所述内含子的上游，另一个外显子位于所述内含子的下游，其中所述内含子以5'至3'的顺序包含：第一5'剪接位点、第一分支点、第一3'剪接位点、剪接修饰因子的内源内含子识别元件(iREMS)、第二分支点和第二3'剪接位点，其中所述iREMS包含RNA序列GAgurngn(SEQ ID NO：2)，其中r为腺嘌呤或鸟嘌呤并且n为任何核苷酸，其中所述前‑mRNA转录本为选自下列的基因的前‑mRNA转录本：ABCB8、ABCC3、ADAM17、ADCY3、AGPAT4、ANKRA2、ANXA11、APIP、APPL2、ARHGAP1、ARL15、ASAP1、ASPH、ATAD2B、ATXN1、BECN1、BHMT2、BICD1、BTN3A1、C11orf30、C11orf73、C12orf4、C14orf132、C8orf44、C8orf44‑SGK3、C8orf88、CASC3、CASP7、CCDC122、CDH13、CECR7、CENPI、CEP112、CEP192、CHEK1、CMAHP、CNRIP1、COPS7B、CPSF4、CRISPLD2、CRYBG3、CSNK1E、CSNK1G1、DCAF17、DCUN1D4、DDX42、DENND1A、DENND5A、DGKA、DHFR、DIAPH3、DNAJC13、DNMBP、DOCK1、DYRK1A、EIF2B3、ENAH、ENOX1、EP300、ERC1、ERLIN2、ERRFI1、EVC、FAF1、FAIM、FAM126A、FAM13A、FAM162A、FAM174A、FBN2、FER、FHOD3、FOCAD、GALC、GCFC2、GGACT、GLCE、GOLGA4、GOLGB1、GPSM2、GULP1、GXYLT1、HDX、HLTF、HMGA2、HNMT、HSD17B12、HSD17B4、HTT、IFT57、IVD、KDM6A、KIAA1524、KIAA1715、LETM2、LOC400927、LRRC42、LUC7L3、LYRM1、MB21D2、MCM10、MED13L、MEDAG、MEMO1、MFN2、MMS19、MRPL45、MRPS28、MTERF3、MYCBP2、MYLK、MYOF、NGF、NREP、NSUN4、NT5C2、OSMR、OXCT1、PAPD4、PCM1、PDE7A、PDS5B、PDXDC1、PIGN、PIK3CD、PIK3R1、PIKFYVE、PITPNB、PLEKHA1、PLSCR1、PMS1、POMT2、PPARG、PPIP5K2、PPP1R26、PRPF31、PRSS23、PSMA4、PXK、RAF1、RAPGEF1、RARS2、RBKS、RERE、RFWD2、RPA1、RPS10、SAMD4A、SAR1A、SCO1、SEC24A、SENP6、SERGEF、SGK3、SLC12A2、SLC25A17、SLC44A2、SMYD3、SNAP23、SNHG16、SNX7、SOS2、SPATA5、SPIDR、SPRYD7、SRGAP1、SRRM1、STAT1、STXBP6、SUPT20H、TAF2、TASP1、TBC1D15、TCF12、TCF4、TIAM1、TJP2、TMC3、TMEM214、TNRC6A、TNS3、TOE1、TRAF3、TSPAN2、TTC7B、TYW5、UBAP2L、URGCP、VAV2、WDR27、WDR37、WDR91、WNK1、XRN2、ZCCHC8、ZFP82、ZNF138、ZNF232或ZNF37BP，并且其中式(I)为：其中：w₁和w₅独立地为C‑R_a或者N；w₂为C‑R_b或者N；w₃、w₄和w₇独立地为C‑R₁、C‑R₂、C‑R_a或者N；w₆为C‑R₁、C‑R₂、C‑R_c或者N；其中w₃、w₄、w₆和w₇中的一个为C‑R₁，w₃、w₄、w₆和w₇中的另一个为C‑R₂，只要，当w₃为C‑R₁时，w₆为C‑R₂并且w₄和w₇独立地为C‑R_a或者N；或者，当w₃为C‑R₂时，w₆为C‑R₁并且w₄和w₇独立地为C‑R_a或者N；或者，当w₄为C‑R₁时，w₇为C‑R₂并且w₃为C‑R_a或N并且w₆为C‑R_c或N；或者，当w₄为C‑R₂时，w₇为C‑R₁并且w₃为C‑R_a或N并且w₆为C‑R_c或N；和，其中w₁、w₂、w₃、w₄、w₅、w₆和w₇中的任1个、2个或3个可以任选地为N；R₁是C_1‑8烷基、氨基、C_1‑8烷基‑氨基、(C_1‑8烷基)₂‑氨基、C_1‑8烷氧基‑C_1‑8烷基‑氨基、(C_1‑8烷氧基‑C_1‑8烷基)₂‑氨基、(C_1‑8烷氧基‑C_1‑8烷基)(C_1‑8烷基)氨基、氨基‑C_1‑8烷基、C_1‑8烷基‑氨基‑C_1‑8烷基、(C_1‑8烷基)₂‑氨基‑C_1‑8烷基、C_1‑8烷氧基‑C_1‑8烷基‑氨基‑C_1‑8烷基、(C_1‑8烷氧基‑C_1‑8烷基)₂‑氨基‑C_1‑8烷基、(C_1‑8烷氧基‑C_1‑8烷基)(C_1‑8烷基)氨基‑C_1‑8烷基、氨基‑C_1‑8烷基‑氨基、(氨基‑C_1‑8烷基)₂‑氨基、(氨基‑C_1‑8烷基)(C_1‑8烷基)氨基、C_1‑8烷基‑氨基‑C_1‑8烷基‑氨基、(C_1‑8烷基‑氨基‑C_1‑8烷基)₂‑氨基、(C_1‑8烷基‑氨基‑C_1‑8烷基)(C_1‑8烷基)氨基、(C_1‑8烷基)₂‑氨基‑C_1‑8烷基‑氨基、[(C_1‑8烷基)₂‑氨基‑C_1‑8烷基](C_1‑8烷基)氨基、氨基‑C_1‑8烷氧基、C_1‑8烷基‑氨基‑C_1‑8烷氧基、(C_1‑8烷基)₂‑氨基‑C_1‑8烷氧基、C_1‑8烷氧基‑C_1‑8烷基‑氨基‑C_1‑8烷氧基、C_1‑8烷氧基‑C_1‑8烷基‑氨基‑C_1‑8烷氧基、(C_1‑8烷氧基‑C_1‑8烷基)(C_1‑8烷基)氨基‑C_1‑8烷氧基、氨基‑C_2‑8烯基、C_1‑8烷基‑氨基‑C_2‑8烯基、(C_1‑8烷基)₂‑氨基‑C_2‑8烯基、氨基‑C_2‑8炔基、C_1‑8烷基‑氨基‑C_2‑8炔基、(C_1‑8烷基)₂‑氨基‑C_2‑8炔基、卤代‑C_1‑8烷基‑氨基、(卤代‑C_1‑8烷基)₂‑氨基、(卤代‑C_1‑8烷基)(C_1‑8烷基)氨基、羟基‑C_1‑8烷基、羟基‑C_1‑8烷氧基‑C_1‑8烷基、羟基‑C_1‑8烷基‑氨基、(羟基‑C_1‑8烷基)₂‑氨基、(羟基‑C_1‑8烷基)(C_1‑8烷基)氨基、羟基‑C_1‑8烷基‑氨基‑C_1‑8烷基、(羟基‑C_1‑8烷基)₂‑氨基‑C_1‑8烷基、(羟基‑C_1‑8烷基)(C_1‑8烷基)氨基‑C_1‑8烷基、羟基‑C_1‑8烷基‑氨基‑C_1‑8烷氧基、(羟基‑C_1‑8烷基)₂‑氨基‑C_1‑8烷氧基、(羟基‑C_1‑8烷基)(C_1‑8烷基)氨基‑C_1‑8烷氧基、羟基‑C_1‑8烷基‑氨基‑C_1‑8烷基‑氨基、(羟基‑C_1‑8烷基‑氨基‑C_1‑8烷基)₂‑氨基、(羟基‑C_1‑8烷基)₂‑氨基‑C_1‑8烷基‑氨基、(羟基‑C_1‑8烷基‑氨基‑C_1‑8烷基)(C_1‑8烷基)氨基、(羟基‑C_1‑8烷基)(C_1‑8烷基)氨基‑C_1‑8烷基‑氨基、[(羟基‑C_1‑8烷基)₂‑氨基‑C_1‑8烷基](C_1‑8烷基)氨基、[(羟基‑C_1‑8烷基)(C_1‑8烷基)氨基‑C_1‑8烷基](C_1‑8烷基)氨基、杂环基、杂环基‑C_1‑8烷基、杂环基‑C_1‑8烷氧基、杂环基‑氨基、(杂环基)(C_1‑8烷基)氨基、杂环基‑氨基‑C_1‑8烷基、杂环基‑C_1‑8烷基‑氨基、(杂环基‑C_1‑8烷基)₂‑氨基、(杂环基‑C_1‑8烷基)(C_1‑8烷基)氨基、杂环基‑C_1‑8烷基‑氨基‑C_1‑8烷基、(杂环基‑C_1‑8烷基)₂‑氨基‑C_1‑8烷基、(杂环基‑C_1‑8烷基)(C_1‑8烷基)氨基‑C_1‑8烷基、杂环基‑氧基、杂环基‑羰基、杂环基‑羰基‑氧基、C_3‑14环烷基、芳基‑C_1‑8烷基‑氨基、(芳基‑C_1‑8烷基)₂‑氨基、(芳基‑C_1‑8烷基)(C_1‑8烷基)氨基、芳基‑C_1‑8烷基‑氨基‑C_1‑8烷基、(芳基‑C_1‑8烷基)₂‑氨基‑C_1‑8烷基、(芳基‑C_1‑8烷基)(C_1‑8烷基)氨基‑C_1‑8烷基、杂芳基、杂芳基‑C_1‑8烷基、杂芳基‑C_1‑8烷氧基、杂芳基‑氨基、杂芳基‑C_1‑8烷基‑氨基、(杂芳基‑C_1‑8烷基)₂‑氨基、(杂芳基‑C_1‑8烷基)(C_1‑8烷基)氨基、杂芳基‑C_1‑8烷基‑氨基‑C_1‑8烷基、(杂芳基‑C_1‑8烷基)₂‑氨基‑C_1‑8烷基或(杂芳基‑C_1‑8烷基)(C_1‑8烷基)氨基‑C_1‑8烷基；其中，杂环基、C_3‑14环烷基、芳基和杂芳基各自任选地被1个、2个或3个R₃取代基并且任选地被1个另外的R₄取代基取代；或者，其中，杂环基、C_3‑14环烷基、芳基和杂芳基各自任选地被1个、2个、3个或4个R₃取代基取代；R₂为芳基、芳基‑氨基、芳基‑氨基‑羰基、杂环基、杂芳基或杂芳基‑氨基；其中，芳基、杂环基和杂芳基各自任选地被1个、2个或3个R₆取代基并且任选地被1个另外的R₇取代基取代；R_a在每种情况下独立地选自氢、卤素、C_1‑8烷基或氘；R_b为氢、卤素、C_1‑8烷基、C_1‑8烷氧基或氘；R_c为氢、卤素、C_1‑8烷基或氘；R₃在每种情况下独立地选自氰基、卤素、羟基、氧代、C_1‑8烷基、卤代‑C_1‑8烷基、C_1‑8烷基‑羰基、C_1‑8烷氧基、卤代‑C_1‑8烷氧基、C_1‑8烷氧基‑C_1‑8烷基、C_1‑8烷氧基‑羰基、氨基、C_1‑8烷基‑氨基、(C_1‑8烷基)₂‑氨基、氨基‑C_1‑8烷基、C_1‑8烷基‑氨基‑C_1‑8烷基、(C_1‑8烷基)₂‑氨基‑C_1‑8烷基、氨基‑C_1‑8烷基‑氨基、C_1‑8烷基‑氨基‑C_1‑8烷基‑氨基、(C_1‑8烷基‑氨基‑C_1‑8烷基)₂‑氨基、(C_1‑8烷基)₂‑氨基‑C_1‑8烷基‑氨基、[(C_1‑8烷基)₂‑氨基‑C_1‑8烷基]₂‑氨基、(C_1‑8烷基‑氨基‑C_1‑8烷基)(C_1‑8烷基)氨基、[(C_1‑8烷基)₂‑氨基‑C_1‑8烷基](C_1‑8烷基)氨基、C_1‑8烷氧基‑C_1‑8烷基‑氨基、(C_1‑8烷氧基‑C_1‑8烷基)₂‑氨基、(C_1‑8烷氧基‑C_1‑8烷基)(C_1‑8烷基)氨基、C_1‑8烷基‑羰基‑氨基、C_1‑8烷氧基‑羰基‑氨基、羟基‑C_1‑8烷基、羟基‑C_1‑8烷氧基‑C_1‑8烷基、羟基‑C_1‑8烷基‑氨基、(羟基‑C_1‑8烷基)₂‑氨基或(羟基‑C_1‑8烷基)(C_1‑8烷基)氨基；R₄是C_3‑14环烷基、C_3‑14环烷基‑C_1‑8烷基、C_3‑14环烷基‑氨基、芳基‑C_1‑8烷基、芳基‑C_1‑8烷氧基‑羰基、芳基‑磺酰基氧‑C_1‑8烷基、杂环基或杂环基‑C_1‑8烷基；其中，C_3‑14环烷基、芳基和杂环基各自任选地被1个、2个或3个R₅取代基取代；R₅在每种情况下独立地选自卤素、羟基、氰基、硝基、C_1‑8烷基、卤代C_1‑8烷基、C_1‑8烷氧基、卤代C_1‑8烷氧基、氨基、C_1‑8烷基氨基、(C_1‑8烷基)₂‑氨基或者C_1‑8烷基硫代；R₆在每种情况下独立地选自卤素、羟基、氰基、硝基、C_1‑8烷基、C_2‑8烯基、卤代‑C_1‑8烷基、羟基‑C_1‑8烷基、C_1‑8烷氧基、卤代‑C_1‑8烷氧基、C_1‑8烷氧基‑C_1‑8烷基、氨基、C_1‑8烷基‑氨基、(C_1‑8烷基)₂‑氨基或C_1‑8烷基‑硫基；和R₇是C_3‑14环烷基、C_3‑14环烷基‑氧基、芳基、杂环基或杂芳基。