[发明专利]一种与黄牛生长性状相关的MEG3基因SNP的检测方法及其应用

说明书

本发明公开了一种与黄牛生长性状相关的MEG3基因SNP的检测方法及其应用，根据黄牛MEG3基因外显子区单核苷酸突变位点所在位置，采用PCR‑RFLP、Tetra‑primer ARMS‑PCR技术对黄牛个体进行分型，分型结果与生长数据关联分析。本发明提供的检测方法是在DNA水平上检测与黄牛生产性状密切相关的SNP标记，可用于中国黄牛品种生长性状标记辅助选择中，加快建立优良黄牛种群。

技术领域

本发明涉及家畜分子生物学检测领域，具体涉及一种检测中国黄牛品种生长发育性状相关的MEG3基因SNP的方法与应用。

背景技术

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms，SNP)是指因单个核苷酸的改变而导致基因组水平上的DNA序列多态性。1个SNP在基因组某个位点上，有单个核苷酸的改变，多数由两种情形呈现：一是单碱基的转换所致，即以一种嘧啶换成另一种嘧啶，或一种嘌呤替换为另一种嘌呤；另外一种情形是颠换，即嘌呤与嘧啶的交换。按照对生物遗传性状的作用，也可将SNP分为蛋白编码SNP和非蛋白编码SNP，其中蛋白编码SNP位于转录序列中，非蛋白编码SNP位于非转录序列。在蛋白编码SNP中，若不引起所编码氨基酸序列的改变，则称为同义蛋白编码SNP，反之称为非同义蛋白编码SNP，通常影响对应蛋白质的功能。

一般检测SNPs的方法有：PCR-RFLP法、Tetra-primer ARMS-PCR、PCR-SSCP法、直接测序法等。直接测序法简单、方便，通过直接检测不同个体的PCR扩增片段，发现SNPs位点，然而当SNPs多、样本大时，试验预算也会大，甚至测序有时错误，导致增加重复，进一步使成本增加。PCR-RFLP主要是通过限制性内切酶，特异性识别DNA的特异序列，并在特定序列处切开DNA分子，即出现限制性片段的特异序列，然而，此法可能会在识别序列上受限，最好用来检测和发现微少SNPs。Tetra-primer ARMS-PCR技术，即四引物扩增受阻突变体系PCR，是一种在普通PCR基础上发展起来的并专门用于检测单核苷酸多态性的衍生技术。该技术是在扩增受阻突变体系基础上发展起来并综合了四引物PCR技术的优点，对单核苷酸突变检测具有快速、简便、可以区分等位基因型以及费用低廉等优点。但此方法同样不适合多位点SNP的同时检测。PCR-SSCP为单链构象多态性，是基于单链DNA构象差别的、点突变的检测办法。单碱基的差异、单链DNA序列迥异，即使片段一样长，其电泳时迁移的速率不同，二级结构构象也不同。该检测法存在的缺点是不能用于大规模地检测SNPs，因为当立体构象的变化无作用或作用微小时，聚丙烯酰胺凝胶电泳不能辨别。

分子育种，即分子标记辅助选择(molecular mark-assist selection,MAS)，该技术是借助DNA分子标记对遗传资源或育种材料进行选择，对畜禽的综合性状进行品种改良。在畜禽育种中，通过对生长性状密切相关，并且与数量性状紧密关联的DNA标记的选择，达到早期选种和提高育种值准确性的目的，从而在畜禽育种中获得更大的遗传进展。

母系表达基因3(maternally expressed 3，MEG3)，是一种父本印记基因，又称Gtl2基因，长度约为58kb，位于牛的第21号染色体上，具有类mRNA结构，但是不具备编码蛋白的能力。目前已经证实MEG3属于长链非编码RNA，也是目前研究比较多，比较深入的长链非编码RNA。

MEG3在人类脑垂体中高表达，但是在促性腺激素细胞诱导的垂体腺体肿瘤以及人类其他多种肿瘤细胞系中低表达或不表达，在肿瘤中表达MEG3使细胞生长受到抑制，而p53蛋白表达量上升，并且激活p53的一些下游靶基因。有研究表明，敲除MEG3基因的小鼠在出生前就会死亡并且伴有严重的肌肉发育缺陷。在畜禽研究中，已发现多个变异位点对生长性状产生显著影响，但是在中国黄牛中未见报道。因此，研究该基因SNP变异并将其与中国黄牛品种重要生长性状关联分析至关重要，可以为我国黄牛分子育种提供理论依据。

发明内容