[发明专利]大肠癌标志物及其应用

权利要求书

1.一种大肠癌标志物，其特征在于，所述标志物包括霍氏肠杆菌Eubacterium_hallii_DSM_3353、梭菌Clostridium_SS2_1、瘤胃球菌Ruminococcus_5_1_39BFAA以及凸腹真杆菌Eubacterium_ventriosum_ATCC_27560。

2.一种利用权利要求1所述的大肠癌标志物确定个体的状态的装置，其特征在于，包括：

数据输入单元，用于输入数据；

数据输出单元，用于输出数据；

处理器，用于执行可执行程序，执行所述可执行程序包括完成利用大肠癌标志物确定个体的状态的方法；

存储单元，与所述数据输入单元、所述数据输出单元和所述处理器相连，用于存储数据，其中包括所述可执行程序；

其中，所述方法包括：

(1)确定所述个体的粪便样本中的所述大肠癌标志物中的各种微生物的丰度；

(2)分别将(1)中确定的大肠癌标志物中的各种微生物的丰度与其在对照组中的丰度进行比较，依据获得的比较结果确定所述个体的状态，

所述对照组由一组或多组相同状态的个体的粪便样本组成，

所述状态包括患有大肠癌状态和不患有大肠癌状态。

3.权利要求2的装置，其特征在于，(1)包括：

获得所述个体的粪便样本中的核酸序列的测序数据，所述测序数据包括多个读段；

组装所述读段，获得基因集，所述基因集包括多个组装片段，所述基因集中的组装片段为非冗余序列；

确定所述大肠癌标志物中的各种微生物包含的组装片段；

依据所述测序数据，分别确定所述基因集中的各个组装片段的丰度，其中包括，分别确定所述大肠癌标志物中的各种微生物包含的组装片段的丰度；

分别依据所述确定的组装片段的丰度，确定所述大肠癌标志物中的各种微生物的丰度。

4.权利要求3的装置，其特征在于，所述确定大肠癌标志物中的各种微生物包含的组装片段，包括：

将所述基因集中的组装片段分别与所述各种微生物的参考序列进行比对，确定与一种微生物的参考序列的相似性大于或者等于90％的组装片段来自该种微生物。

5.权利要求3的装置，其特征在于，所述依据测序数据，分别确定所述基因集中的各个组装片段的丰度，包括：

分别将所述测序数据中的读段比对到所述各个组装片段上，

基于获得的比对结果，利用以下公式确定组装片段的丰度：

组装片段G的丰度Ab(G)＝Ab(U_G)+Ab(M_G)，其中，

Ab(U_G)＝U_G/l_G，U_G为唯一比对上组装片段G的读段数目，l_G为组装片段G的长度，

M_G为非唯一比对上该组装片段G的读段的数目，

i表示非唯一比对上该组装片段G的读段的编号，

Co_i为非唯一比对上组装片段G的读段M_i的丰度系数，

N为非唯一比对上该组装片段G的读段比对上的组装片段的总数目，

j为非唯一比对上该组装片段G的读段比对上的组装片段的编号，

U_j为唯一比对上组装片段j的读段数目。

6.权利要求3的装置，其特征在于，微生物的丰度为该种微生物包含的所有组装片段的丰度的中位数或者平均数。

7.权利要求2的装置，其特征在于，(2)中的对照组包括多个患大肠癌的个体的粪便样本，(2)包括：

当(1)中确定的大肠癌标志物中的各种微生物的丰度都与其在对照组中的丰度无差异，确定所述个体的状态为患有大肠癌，所述无差异为(1)中确定的大肠癌标志物中的各种微生物的丰度落入其在对照组中的丰度的第一预定置信区间。