[发明专利]用于预测未观察到的表型（PUP）的方法和组合物有效
| 申请号： | 201180036467.6 | 申请日： | 2011-06-02 |
| 公开（公告）号： | CN103026361A | 公开（公告）日： | 2013-04-03 |
| 发明（设计）人： | 郭志刚;V.K.基肖尔 | 申请（专利权）人： | 先正达参股股份有限公司 |
| 主分类号： | G06F19/14 | 分类号： | G06F19/14;G06F17/10 |
| 代理公司： | 北京市柳沈律师事务所 11105 | 代理人： | 张文辉 |
| 地址： | 瑞士*** | 国省代码： | 瑞士;CH |
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| 摘要： | 在此提供了用于预测未观察到的表型的多种方法。在一些实施方案中，这些方法包括：(a)确定在一个基因分型的并且表型分型的参比种群中针对一种表型的多个标记的标记效应，其中该参比种群包括一个F2代、一个F3代、或一个后续代；(b)对一个预测种群的一株或多株植物针对该多个标记进行基因分型，其中该预测种群中的一株或多株植物中的每一株都是两个亲本的一个后代并且每一个亲本与被用来产生该参比种群的这两个亲本植物中的至少一个具有至少80%的遗传一致性；(c)基于步骤(b)的基因分型，针对该预测种群中的一株或多株植物中的每一株对在步骤(a)中所确定的这些标记效应进行求和；以及(d)基于来自步骤(c)的这些标记效应之和来预测在该预测种群中的一株或多株植物的一种表型。在此还提供了用于产生具有一种感兴趣的表型的植物的方法、以及用于估算在种群之间的遗传相似性的方法。 | ||
| 搜索关键词： | 用于 预测 观察到 表型 pup 方法 组合 | ||
【主权项】：
一种用于预测在一个预测种群中的植物的表型的方法，该方法包括：(a)确定在一个基因分型的并且表型分型的参比种群中针对一种表型的多个标记的标记效应，其中该参比种群包括：(i)一个F2代，该F2代是通过使两个亲本植物杂交以产生一个F1代并且然后使F1代互交、回交、和/或自交，和/或从F1形成一个双单倍体而产生的；和/或(ii)一个F3或后续代，其中该F3或后续代是通过使F2代和/或一个后续代互交、回交、自交，和/或从其中产生多个双单倍体而产生的；(b)对一个预测种群中的一株或多株植物针对该多个标记进行基因分型，其中该预测种群中的一株或多株植物中的每一个都是两个亲本的一个后代并且每一个亲本与被用来产生该参比种群的这两个亲本植物中的至少一个具有至少80%的遗传一致性；(c)基于步骤(b)的基因分型，针对该预测种群中的一株或多株植物中的每一株对在步骤(a)中所确定的这些标记效应进行求和；并且(d)基于来自步骤(c)的这些标记效应之和来预测在该预测种群中的一株或多株植物的一种表型。
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- 在此提供了用于预测未观察到的表型的多种方法。在一些实施方案中，这些方法包括：(a)确定在一个基因分型的并且表型分型的参比种群中针对一种表型的多个标记的标记效应，其中该参比种群包括一个F2代、一个F3代、或一个后续代；(b)对一个预测种群的一株或多株植物针对该多个标记进行基因分型，其中该预测种群中的一株或多株植物中的每一株都是两个亲本的一个后代并且每一个亲本与被用来产生该参比种群的这两个亲本植物中的至少一个具有至少80%的遗传一致性；(c)基于步骤(b)的基因分型，针对该预测种群中的一株或多株植物中的每一株对在步骤(a)中所确定的这些标记效应进行求和；以及(d)基于来自步骤(c)的这些标记效应之和来预测在该预测种群中的一株或多株植物的一种表型。在此还提供了用于产生具有一种感兴趣的表型的植物的方法、以及用于估算在种群之间的遗传相似性的方法。
- 专利分类
G06 计算；推算；计数
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
G06F 电数字数据处理
G06F19-00 专门适用于特定应用的数字计算或数据处理的设备或方法
G06F19-10 .生物信息学，即计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关的数据处理方法或系统
G06F19-12 ..用于系统生物学的建模或仿真，例如：概率模型或动态模型，遗传基因管理网络，蛋白质交互作用网络或新陈代谢作用网络
G06F19-14 ..用于发展或进化的，例如：进化的保存区域决定或进化树结构
G06F19-16 ..用于分子结构的，例如：结构排序，结构或功能关系，蛋白质折叠，结构域拓扑，用结构数据的药靶，涉及二维或三维结构的
G06F19-18 ..用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如：基因型–表型关联，不均衡连接，种群遗传学，结合位置鉴定，变异发生，基因型或染色体组的注释，蛋白质相互作用或蛋白质核酸的相互作用
