[发明专利]利用多数据平台发现长链非编码RNA分子标志物运用ceRNA机制的方法及系统和应用

摘要

本发明公开了一种多数据平台发现长链非编码RNA分子标志物运用ceRNA机制的方法及系统和应用。基于TANRIC公共数据资源的直肠癌LncRNA测序数据，运用多样的生物信息学分析手段，对LncRNA表达数据进行分析处理，识别与直肠癌相关的LncRNA，对LncRNA相关ceRNA机制探究，最终形成LncRNA‑miRNA‑mRNA‑疾病互作图。本发明采用丰富多样的生物信息学手段，整合数据资源，建立一套完整的分析流程，可有效发现直肠癌相关LncRNA分子通过ceRNA机制发挥其生物效应，在此过程中利用了公共数据库高通量数据，降低科研成本，提高分析效率。本发明可发现多个风险LncRNA，对复杂疾病的生物靶向治疗、基因功能预测、ceRNA机制探究及基因生物效应与预后评估都有重要意义，可广泛应用于生物学研究工作中，也可用于临床相关应用。

主权项

1.一种利用多数据平台发现长链非编码RNA分子标志物运用ceRNA机制的方法，其特征在于：包括如下步骤：步骤1，样本数据下载和整理，获取LncRNA表达数据与其临床信息，选定目标疾病直肠癌和测序平台下载数据，数据包含癌样本、癌旁样本和对应的正常样本；步骤2，对LncRNA表达数据的差异表达分析；步骤3，将步骤2得到的LncRNA表达数据按照变化幅度排序，变化率越大的排名越靠前，筛选排名靠前的30个LncRNA作为相关LncRNA；步骤4，将步骤3筛选出的30个LncRNA表达数据与其对应样本的分期、转移、浸润等临床信息，进行生物信息统计学分析，进一步筛选与疾病发生发展相关具有统计学意义的LncRNA；步骤5，应用预测网站或软件预测LncRNA通过ceRNA机制调控的microRNA，并应用靶基因预测网站或软件作为预测靶基因的工具，获取靶基因，从而完成ceRNA调控网络的构建；步骤6，对靶基因进行功能分析并筛选出与疾病相关的条目，筛选出疾病相关靶基因；步骤7，对步骤6筛选出的疾病相关靶基因在样本数据中进行疾病相关生存分析，获取疾病预后相关靶基因；步骤8，将上述步骤1‑7中得到的数据进行合并，构建LncRNA‑miRNA‑mRNA‑疾病互作图。