[发明专利]用于保存DNA甲基化的组合物和方法

说明书

本公开提供储存溶液用于在一段时间内保存DNA甲基化模式的方法。本公开还提供使用在此类储存溶液中储存的甲基化DNA的方法。

相关申请

本申请要求2020年5月27日递交的美国临时专利申请号63/030,407和2021年4月8日递交的美国临时专利申请号63/172,279的优先权的权益，其申请特此通过参考以其全部结合。

资金

本发明是在美国国立卫生研究院(National Institutes of Health)授予的基金CA152756下于政府支持下完成的。政府对本发明享有一定权利。

背景

胞嘧啶甲基化经常被称作是真核生物基因组DNA中的“第五碱基”。DNA胞嘧啶甲基化的模式改变被认为是多种人类疾病状态(包括各种化生、肿瘤形成和癌症)的伴随物、生物标志物和有时的因果元素。然而，尽管DNA多核苷酸序列在室温下于长时间段内保持稳定，但当在室温下储存长时间段时，甲基化模式更有可能偏离初始甲基化模式。因此，需要新的储存条件来在长时间段内保存DNA甲基化模式。

公开概述

在一些实施方案中，本公开提供包含含有甲基化DNA序列的生物样品以及含有甲醇和三(羟甲基)氨基甲烷(tris)的储存溶液的组合物；其中甲基化DNA序列的甲基化模式得到保存。在某些实施方案中，tris具有7.0-9.0的pH。在某些实施方案中，tris具有7.0-8.0的pH。在某些实施方案中，tris具有7.5-8.5的pH。在某些实施方案中，tris具有7.5-8.0的pH。在某些实施方案中，tris以1mM-250mM的浓度存在。在某些实施方案中，tris以1mM-100mM的浓度存在。在某些实施方案中，tris以5mM-50mM的浓度存在。在某些实施方案中，tris以5mM-20mM的浓度存在。在某些实施方案中，tris以20mM-250mM的浓度存在。在某些实施方案中，tris以20mM-100mM的浓度存在。在某些实施方案中，tris以30mM-70mM的浓度存在。在某些实施方案中，tris以30mM-50mM的浓度存在。在某些实施方案中，tris以10mM的浓度存在。在某些实施方案中，tris以50mM的浓度存在。在某些实施方案中，储存溶液进一步包含丁基化羟基甲苯(BHT)。在某些此类实施方案中，BHT以1-500ppm的量存在。在某些实施方案中，BHT以20-200ppm的量存在。在某些实施方案中，BHT以25-100ppm的量存在。在一些实施方案中，本公开提供包含生物样品和储存溶液的组合物；其中生物样品包含甲基化DNA序列；其中储存溶液包含甲醇和BHT；和其中组合物保存生物样品的甲基化模式。在某些此类实施方案中，BHT以1-500ppm的量存在。在某些实施方案中，BHT以20-200ppm的量存在。在某些实施方案中，BHT以25-100ppm的量存在。在一些实施方案中，甲基化模式保存至少2周。在一些实施方案中，甲基化模式保存至少3周。在一些实施方案中，在室温下保存甲基化模式。在一些实施方案中，与储存之前生物样品中的甲基化模式相比较，储存溶液中生物样品的甲基化模式保存至少60％。在一些实施方案中，与储存之前生物样品中的甲基化模式相比较，储存溶液中生物样品的甲基化模式保存至少65％。在一些实施方案中，与储存之前生物样品中的甲基化模式相比较，储存溶液中生物样品的甲基化模式保存至少70％。在一些实施方案中，与储存之前生物样品中的甲基化模式相比较，储存溶液中生物样品的甲基化模式保存至少75％。在一些实施方案中，与储存之前生物样品中的甲基化模式相比较，储存溶液中生物样品的甲基化模式保存至少80％。在一些实施方案中，与储存之前生物样品中的甲基化模式相比较，储存溶液中生物样品的甲基化模式保存至少85％。在一些实施方案中，与储存之前生物样品中的甲基化模式相比较，储存溶液中生物样品的甲基化模式保存至少90％。在一些实施方案中，与储存之前生物样品中的甲基化模式相比较，储存溶液中生物样品的甲基化模式保存至少95％。在一些实施方案中，样品为人类生物样品。在一些实施方案中，生物样品为来自以下任何一种的样品：胃肠道、呼吸消化道、呼吸道、泌尿生殖道或体液。在某些此类实施方案中，体液为以下的任何一种：血液、尿液、痰液、唾液、粪便、胆汁、胰液、鼻腔分泌物、眼泪、精液、阴道分泌物、脑脊液、胸膜液、腹膜液、胃液、心包液、汗液、淋巴液、囊液、胰腺囊液、滑液、关节液、月经液、子宫内膜冲洗液、乳房抽吸液或羊水。在一些实施方案中，生物样品为来自以下任何一种的样品：食道、胃、结肠、小肠、胰腺、肝脏、口腔、口咽、气管、支气管树、肺部或乳房。在一些实施方案中，生物样品为食道生物样品。在一些实施方案中，储存溶液包含tris和100％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含tris和与水混合的10％-100％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含tris和与水混合的10-95％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含tris和与水混合的10-90％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含tris和与水混合的15-90％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含tris和与水混合的20-90％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含tris和与水混合的25-90％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含tris和与水混合的30-90％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含tris和与水混合的30-85％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含tris和与水混合的30-80％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含tris和与水混合的35-80％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含tris和与水混合的35-75％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含tris和与水混合的35-70％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含tris和与水混合的30-70％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含tris和与水混合的40-70％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含tris和与水混合的40-65％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含tris和与水混合的40-60％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含tris和与水混合的40-55％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含tris和与水混合的45-55％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含tris和与水混合的50％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含BHT和100％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含BHT和与水混合的10％-100％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含BHT和与水混合的10-95％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含BHT和与水混合的10-90％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含BHT和与水混合的15-90％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含BHT和与水混合的20-90％甲醇。在一些实施方案中，储存溶液包含BHT和与水混合的25-90％甲醇。